Národný zoznam území európskeho významu schválila vláda SRuznesením č. 239/2004 dňa 17. marca 2004 a bol vydaný výnosom MŽP SR č. 3/2004-5.1 zo 14.júla 2004 a zaslaný na schválenie EK. Do návrhu zoznamu bolo zaradených 382 území s rozlohou 573 690 ha. Územia pokrývali 11,7 % výmery SR, prekryv so súčasnou sieťou chránených území je 86 %.
ÚEV boli navrhnuté pre 44 druhov rastlín, 96 druhov živočíchov a 66 typov biotopov.
Celkový podielÚEV z rozlohy SR sa rozšírením z roku 2011 zvýšil na 11,9 %. Aktuálny celkový počet ÚEV je 473 území, s výmerou 584 353 ha.
Územia sa nachádzajú prevažne na lesných pozemkoch (86,2 %), menšia časť na poľnohospodárskom pôdnom fonde (9,5 %). Malá časť sa nachádza na vodných plochách (cca 2 %) a na ostatných plochách (cca 2 %).
V roku 2012 došlo k posudzovaniu dostatočnosti vymedzenia ÚEV Európskou komisiou, pričom pre cca 78 % druhov a biotopov európskeho významu vyplynula dostatočná ochrana. V roku 2014 bol pripravovaný návrh na doplnenie národného zoznamu ÚEV v zmysle požiadaviek EK aj s ohľadom na zostávajúce biotopy a druhy, najmä ryby.
V rámci európskej sústavy CHÚ prebieha vyhlasovanie území európskeho významu (ÚEV) v národných kategóriách chránených území, pričom v roku 2013– 2014 nebolo vyhlásené žiadne ÚEV.
170 ÚEV sa nachádza v národnej sústave chránených území, a teda nie je ich potrebné opakovane vyhlasovať. Vyhlasovanie sa týka 97 ÚEVneprekrývajúcich sa s národnou sústavou chránených území a 114 ÚEV čiastočne sa prekrývajúcich s národnou sústavou CHÚ, ktoré SR vyhlasuje podľa národnej legislatívy v kategóriách CHA a PR.
ŠOP SR v roku 2015 ukončovala odborný návrh doplnku národného zoznamu ÚEV v zmysle záverov rokovaní s EK z roku 2012 ohľadne dostatočnosti vymedzenia ÚEV. Boli zohľadnené všetky relevantné údaje tak, aby bol návrh kvalitný a aby SR naplnila požiadavku dobudovať sústavu Natura 2000. Po dopracovaní a schválení odborného návrhu na MŽP SR sa uskutočnia rokovania s vlastníkmi a užívateľmi dotknutých pozemkov v zmysle § 27 zákona č. 534/2002 Z. z. o ochrane prírody a krajiny v znení neskorších predpisov.